Mein 2005 E61 frisst manchmal die Batterie. Hatte einen ADACler da um die zu prüfen und mir Starthilfe zu geben - sein Tipp war die Lüftersteuerung zu prüfen. Er sagt das mit der Zeit ein Bauteil auf der Platine schlecht werden kann und dazu führt, das der Lüfter plötzlich anspringt, auch mitten in der Nacht wenn der Wagen abgestellt ist. Mehr konnte / dürfte er nicht sagen, klingt aber tatsächlich so wie dein Problem.
ich dagegen denke es liegt bei mir am CD Wechsler, denn seitdem ich die Sicherung gezogen habe ist alles i.O. Der Wechsler hat auch ständig die CD Kassette geprüft, auch während der Fahrt. Zum Glück besitze ich keine einzige CD mehr.