Offen gestanden finde ich sowohl die Lösungsstrategie der Werkstatt, als auch Deine ein bißchen extrem.
Einerseits verstehe ich nicht, wie die Werkstatt auf 2,6k€ kommt. Vielleicht sind die Steuergeräte ja wirklich derart teuer, aber die Arbeit sollte nicht so umfangreich sein.
Auf der anderen Seite halte ich es für falsch, die Elektronik teuer instand zu setzen und dabei aber die Ursache für den Wassereinbruch nicht zu beseitigen.
Quellen für Wassereintritt gibt es nicht so wahnsinnig viele. Die Abläufe vom Panodach stehen an erster Stelle. Eine weitere Möglichkeit sind die Moosgummidichtungen unter den Rückleuchten (kosten 7€ das Stück und kann man selbst mit 3 Schräubchen wechseln, Dichtflächen sauber machen!). Bei machen läuft das Wasser noch zu dem Entlüftungsgitter neben der Batterie rein, das habe ich aber noch nie gesehen und kenne auch keine Lösung dafür (das Forum sicher schon).
Nach Beseitigung der Quelle die neuen Elektronikbausteine möglichst dicht in Tütchen verpacken und nicht direkt auf den Boden der Mulde legen. Die innere Abdeckung erstmal weglassen, damit Du neuen Feuchtigkeitseinbruch sofort erkennst und reagieren kannst.
Die Ablaufschläuche würde ich auf jeden Fall sauber machen - Anleitungen/Ideen hierfür gibt es genug - und die saublöden Ventildinger am Ende funktionsunfähig machen/gleich ganz abschneiden. Das gluckert dann halt manchmal ein bißchen. Stoßstange abschrauben kann für die Entfernung hilfreich sein. Das würde ich aber auf jeden Fall selbst machen - Anleitung zur Stoßstangenentfernung sind im Netz und es ist eigentlich sehr einfach. Werkstätten lassen sich diese Arbeit bestimmt königlich entlohnen.
Himmel abbauen ist nur sinnvoll, um ihn bei deutlichen Wasserflecken wieder schön zu bekommen. Das wäre mir erstmal egal. Kann man immer noch angehen, wenn definitiv kein Wasser mehr reinkommt.
Ein (!) kleines (!!!) Loch an der tiefsten Stelle der Reserveradmulde ist nicht verkehrt. Habe ich bei mir auch gemacht. Es gibt übrigens so neuzeitliche Erfindungen wie Lack, damit kann man die Schnittkante behandeln und dann rostst da auch nix mehr. 
Ein kleines Loch reicht für diesen Zweck völlig aus, und dann kommt auch keine Feuchtigkeit rein. Beim Batteriefach kannst Du auch einfach ein Loch in einen der Plastikstopfen bohren.
Wieso willst Du von unten bohren?
Elektronikbausteine von EBay ist sicher eine Möglichkeit. Bedenke aber, dass viele E61 dieses Problem haben - nicht daß Du ein Teil mit Wasserschaden bekommst. Auf die Garantie würde ich mich nicht verlassen, vermutlich werden die Meisten die Garantie ausschließen, wenn anschließend codiert/geflasht wird. Bei einem Codierer aus dem Forum ist das sicher auch günstiger als in der Werkstatt.
Viele Grüße,
Lexi
Die Seite kannte ich nicht. Muss mal sehen, ob ich das noch hinbekomme. Morgen kommen die Teile jedoch an und sollen eingebaut werden...
